遂命馥为其幕僚。
    宣统三年（1911年）六月，陆升山西巡抚，馥随陆赴晋。辛亥革命爆发，陆全家被杀，他逃回故里。
    一九一二年赴南京临时政.府财政部谋一司员，后又在江苏都督程德全府下供职。
    程因军饷多次上书未批，后交潘馥专理此事。潘馥在书上改动十八个字，呈报上去，饷钱当即拨下。此事轰动一时，潘馥被誉为“江北才子”，不久，他又被调回山东任劝业道道尹。
    由于他与当时的山东都督周自齐关系密切，一九一三年一月二十五日便被委任为山东实业司司长。在任职期间，他热衷于工业救国，买机器、办工厂。所买英国机械，途中因故沉没于海中，众闻异常惊愕。
    他却说：“不必担忧，叫英方赔偿就是。”
    潘馥对英索赔谈判时，陈词慷慨，据理确凿，结果英方全部赔偿了所有损失。
    潘馥不仅倡导办工业，还鼓励发展加工业和农业、水产业等，并提出创优等产品，与国内外竞争的建议。他于一九一四年六月十五日至七月五日，在济南主持举办山东省第一次物品展览会。会上评选出二百三十七种、六百八十二件优质产品。十月，送巴拿马万国博览会参展，不少产品获得金奖。
    一九一五年，周自齐
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