大加驳斥，有时甚至激烈地主张革新政治、改良社会。这样一些言行，很自然的引起校内另外一些传统守旧派教员的强烈不满，新旧思想的碰撞是不可避免的。
    比如，每天午餐饭桌上，学堂的教员们聚在一起难免谈及社会风俗和当下的时政。这时，新派的教员就显得人多势众、气势嚣张，他们既冲动而又富于激情。相较之下，传统派的教员就显得势单力薄，拙于应对，每每在和新派教员的辩论中居于下风，在学生面前也就大失面子。
    面对新派的嚣张气焰，守旧派的教员们很不甘心，他们认为这是由于蔡校长引进新课目、纵容新风气导致的结果。便跑去向校董徐树兰告状，寻求支持。
    徐树兰虽然是个开通之人，但在总体上还是倾向传统派的。对学校的情况不能说完全不知情，也不能没有自己的看法，只是碍于蔡元培是自己请的，又那么努力的做事，而不便干涉。听了这些人的话，感觉到后果是很可怕。特别是戊戌变法的被取缔，造成的一种恐怖的气氛之下，不能不有所顾忌。
    庚子年(1900)正月二十六日，他给蔡元培写信，要求蔡元培将当月二十一日清廷的一道有关“正人心”的“上谕”抄录，并挂到学堂的礼堂中。
    这则“上谕”的内容，是清廷镇
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