1901年的上半年，蔡元培常住在上海，广泛收集各类新式学堂的学制和课程设置，经过综合比对和深入研究，他撰写了《学堂教科论》一书，由杜亚泉开办的普通学书室印发。这无疑是他对国家的教育事业做出的贡献。
    继绍兴中西学堂之后，蔡元培开始执教的第二所新式学校是南洋公学。
    南洋公学，由洋务派代表人物盛宣怀1896年创建于上海。清末民初，称江苏、浙江、福建、广东等沿海各省为“南洋”，称江苏以北沿海各省为“北洋”。南洋公学是中国近代历史上中国人自己最早创办的大学之一，也是上海交通大学和西安交通大学的前身。
    在当时这所学校是报请清政府同意之后成立的，为了能为清王朝培养一批了解世界大势、有专门知识的人才，这所新式学堂专设了“特科班”。就是“专收优于国学、年力强健者，授以西学，以备将来经济特科之选”。
    蔡元培在主持中西学堂时就关注过这所学校。1899年11月，蔡元培曾写信给在南洋公学任职的张元济，请其代购教科书，后又专门到上海徐家汇游览了南洋公学。
    1901年5月，从绍兴中西学堂去职后赋闲的蔡元培，应上海澄衷学堂总理刘葆良之邀，前往襄助南洋公学校务。在此期
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