完成迎袁专使的使命后，蔡元培回到南京，回到了他热爱的教育事业的任上。
    南京政.府建立后，所有与新政.府有关的人纷纷跑来，找关系托人情，想谋个一官半职。蔡元培北上迎袁期间，教育部的次长景耀月代理部务。景耀月是同盟会员，平日里热衷党务，对教育很少过问。
    此人有封建的打江山坐江山的思想。所谓有权不用过期作废，趁总长不在，他私自开列了七十多个人的名单，分别冠以司长、科长、秘书的职务，报请总统府颁发委任状。名单上的人多和他有私交，但是跟教育行当没什么关系。
    蔡元培回来后，马上发现了这一情况。他耐心地同景耀月讲，这样做的话，真正的教育专家就被排斥在教育部外了。而且如果下一任部长对这些人事不满意，一概革除，反而让这些人难堪。蔡元培入情入理地做了一番工作之后，总统府又将这批委任申请退还了教育部。
    1912年3月底，唐绍仪内阁成立，蔡元培留任教育总长。
    民国定都北京后，1912年4月26日，蔡元培领衔的新的教育部接手原清廷的学部。蔡元培给部员们讲了一番话：“前清办学之种种靡费，其细情不外奢、纵二字……国家无论如何支绌，教育费万难减少。无已，惟有力
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