5月17日夜蔡元培到了上海。18日上午他与来访的蒋梦麟、黄炎培、沈恩孚等人面议良久，具体的商谈内容没有直接资料，但此后，蔡元培的态度显然有所松动。
    这可由他20日复北洋当局电报为证：“奉大总统指令慰留，不胜愧悚……政府果曲谅学生爱国愚诚，宽其既往”，那么“元培亦何敢不勉任维持，共图补救”。
    电文表明，蔡元培实际上是“有条件的”接受了当局的“慰留”，愿意回校“维持、补救”。
    数日后黄炎培、蒋梦麟致胡适信亦可作旁证：“回校复职事，孑公已允。此事若不另生枝节，大学可望回复原状。”
    但世事难料，枝节还偏偏就是生出来了。蔡元培于5月21日到达杭州，很快就洞悉北洋当局“留他是假，去他是真”，故他于26日复电当局：“卧病故乡，未能北上”，这就意味着拒绝了当局的“慰留”。
    6月6日，北洋当局也终于失去了耐心，撕下了虚情“留蔡”的面具，发布大总统令宣布由“胡仁源署北京大学校长”。
    此令发出，师生的怒火再次喷发，社会各界的反应也愈加强烈，整个运动呈现出激烈的对抗状态。与此同时，各界劝蔡“回职”的函电也纷纷发到蔡元培手里，许多机构和团体先后
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