此案虽然一开始，就是众议院的一些别有用心之人的阴谋，但由于案情容易给人造成误解、涉及的问题也很敏感，容易让人产生联想。尽管在案子中，总统黎元洪被人利用，但内阁也是有毛病的，包括罗文干本人，也不是没有错处。
    在案子的第一阶段，罗文干虽然受到了非法对待，但毕竟没有什么人身伤害，很快也为罗文干洗清了污点。做为罗文干的朋友，深知其为人和品行的蔡元培，无论如何，这结果还是可以接受的。
    但接下来的事情就让人无法忍受了。
    事情本来已经搞清，因为实权派曹锟要借题发挥，竟颠倒黑白，闭着眼睛罗织罪名。当时，候任教育总长的彭允彝竟献计对“罗文干案”复议，致使罗文干又一次含冤入狱。
    面对彭氏如此的的蹂躏人权，献媚军阀的行径，蔡元培与汤尔和、邵飘萍、蒋梦麟等人商量后，决定采取行动。
    他遂于1923年1月17日，愤然提出辞职。
    他在辞呈中写道：“数月以来，报章所记，耳目所及，举凡政治界所有最卑污之罪恶，最无耻之行为，无不呈现于国中……元培目击时艰，痛心于政治清明之无望，不忍为同流合污之苟安，尤不忍于此种教育当局之下，支持教育残局，以招国人与天良之谴责
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