和国民党人的革命事业到了生死存亡的关键时刻，非要出手挽救危局不可了。不管怎么说，反正这时候的蔡元培，是旗帜鲜明地和国民党内积极反.共的人走到了一起。
    4月2日，国民党中央监察委员会全体会议上，在吴稚晖提交查办共产党的呈文之后，蔡元培亦向大家出示了名为《共.产党祸党证据及共.产党在浙祸党之报告》的两份材料，一份是中.共自二大以来“阴谋破坏国民党”的种种决议和通告，另一份则是中.共在浙江“阻止入党”“煽惑民众”“扰乱后方”“捣毁米铺”“压迫工人”等若干条罪状。
    会上经蔡元培同意，还审定了列有毛.泽.东、周.恩.来、陈.独秀等中共领袖及柳亚子、徐谦、邓演达等国民党左派人士的黑名单，共计179人，提请委员会立即采取紧急措施，将这些“首要危险分子”，“就地知照治安机关，分别看管，制止活动”。
    此后，在蔡元培的主持下，这些监察委员又开了4次“清党”密会。
    可以说，在国民党内的派系争斗中，这时候的蔡元培是坚定地站在了蒋介石一边。
    蔡元培又在4月9日同吴稚晖、张静江、李石曾等人一起发出3000余字的“护党救国”联名通电，痛斥联共政策的种种荒谬，严词指责
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