会可推荐大学院院长的人选，议决国家教育的重大方案、政策，与政府各个部门保持相对独立。
    大学院内设院长一人，总理全院事务，下属办事机构仅设秘书处和教育行政处。
    此后，年过六旬的蔡元培有两年光景全力投入了在国内设立大学区的实验。
    所谓大学院，乃是参考法国的大学区制而实行的模式。将全国分成若干学区，每一学区以大学院为中心，全学区的中、小学都归大学院管理，不再设立教育局之类的行政机构。这种体制的好处是突出了教育家治校，更尊重教育规律，而且教育在不同的地区的发展也会相对均衡。
    蔡元培做北大校长时，深受教育部行政官僚之苦，对官僚统治深恶痛绝，所以很支持这样的体制改革。
    1928年，作为大学院院长的他，亲自主持召开了第一次全国教育会议。大学校长及各省教育主管与会，共商教育改革方向。
    正是在这次教育体制改革中，蔡元培的美育精神得到了进一步的发扬。
    在确定了大学院为全国最高学术教育机构之后，蔡元培进而突出了科学、艺术、劳动三者在教育中的地位：“大学院以科学化、艺术化、劳动化相提倡，大学必须具备这三种精神。”他倡议，要在大学区中设立劳动
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