中，一些政客开始排挤蔡元培。
    陈果夫、丁惟汾等坚决要求废止大学院制度，他们的理由是：“大学院的机关，明明列在国民政府组织案中，当然在国民政府之下，和其他各部院同一性质，何以大学院门口所悬的招牌，不称国民政府大学院，大书特书而曰‘中华民国大学院’？是否表示教育独立，大学院和国民政府并列？”
    面对国民党内政客的一系列争权夺利的政治手段，1928年6月15日的大学院委员会会议上，蔡元培愤然要求辞去大学院院长职务。会后，他感慨地对胡适说，他从不晓得社会这样复杂；他应付不了这样复杂的社会，干不下去了。
    蒋介石控制的南京国民党政权一方面废置大学院制，另一方面，于这年8月通过《北平大学区组织大纲》，以北平为中心设立北平大学区。
    在取消大学院的提议和《北平大学组织大纲》通过后，8月17日，蔡元培公开宣布辞去他的国民党中央政.治.会.议委员、国民政府委员、大学院院长、代理司法部长等职，专任中央研究院院长。
    尽管远离了权力圈，但蔡元培仍然利用他在国民党内的声望和资本，为教育事业争取尽可能多的资源，努力争取教育经费独立、增加经费、提高老师待遇。
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