设校长，干事部的干事分任教务、度务、商务，后来推郑孝胥为校长，聘马君武为总教习。马君武赴国外留学后，总教习之职便度止。公学受两江总督的津贴之后，校长改为监督。第一任监督是郑孝胥，第二任为夏敬观，同时成立了郑孝胥、张赛、熊希龄等几十人参加的校董事会，推举张赛为会长。在董事会制与监督制的双重压迫下，学生自治的民主政体开始瓦解。
    尽管郑孝胥、夏敬观这一些社会名流忙于诗坛和文坛，对校务毫无兴趣，但公学的民主政体已经受到严重压抑。原来公选的干事改为由学校聘任的教务长、庶务长、斋务长，而且新校章取消了评议部这个以学生为主体的“立法机关”。这就激起了广大同学的强烈不满。他们抓住校章上“非经全体三分之二承认，不得修改”的“法”条文向校方表示抗议，认为三位干事自修改校章是非法的，取消评议部也是非法的。
    为此，全体同学就组织了一个“校友会”，类似于现在的学生会组织。校友会与三位干事争议了几个月，终于达成了由全体学生修改校章的协议。又费了几个月，开了许多会，校友会把修正意见整理出了一个草案，议定一本新校章。谁知校章草案递上去后，监督与董事均不承认，于是双方的情绪冲突便不可避免。“修宪”成
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