后的1969年10月11日，吴晗被迫害致死。吴晗死前，头发被拔光，其骨灰至今下落不明。作为吴晗的养女，吴小彦饱受生活上的煎熬和精神上的摧残，最终走投无路，于1976年9月的一天，在精神病院自杀。
    有一则流传广远的学林掌故说，1990年代前后，某次学术圏大佬们聚会，座间有人谈起吴晗全家的惨事。一向不问世事、沉默不语的钱钟书，忽然对着邻桌的费孝通大声说："你记得吗？吴晗在1957年时整起別人来，不也一样无情得很吗？”底下唏嘘一片。
    或许，吴晗的悲剧在于丧失了知识分子独立的特点，丧失了历史学家的客观立场，学术为政治服务随波逐流。吴晗写的《朱元璋传》四易其稿，在1943年该书叫《由僧钵到皇权》是“影射史学”，60年代的《朱元璋传》又改成了“命题史学”，观点跟着形势走如何能做史学呢？
    新中国成立后，吴晗以大学教授和文人身份成为北京市副市长，可是一个历史学家的副市长居然支持把北京的城墙、牌楼和部分寺庙、古建筑都给拆掉，直到今天人们也感到不可思议。吴晗还积极主持挖掘了明十三陵的定陵，造成了不可恢复的损失。吴晗对朋友检举，落井下石反戈一击，当年整人真的很无情。
    
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