3年就担任了川军第2军军长，在一、二军之战中战败，逃宜昌依附吴佩孚，由吴任为陆军16师师长，9月5日授陆军中将衔，10月23日授将军府森威将军。1924年2月率部返川，3月8日，加上将衔，兼任四川前敌总指挥。杨森在吴佩孚的有力支持下，卷土重来，占领了重庆，而后又克成都，将熊克武等逐至川南。5月任四川军务督办，成为北洋政府在四川的代理人。同年，杨森事业达到顶峰，他雄心勃勃吼出“建设新四川”的响亮口号，推行“新政”：一、修建马路；二、开辟公共体育场；三、成立通俗教育馆；四、提倡“朝会”等措施。杨森推行“新川政”，在四川诸多军阀中独树一帜，许多人认为这是历史进步，大夸杨森有魄力。但由于他一些作法横蛮，不合理，比如连老百姓不修指甲，穿长衫都要遭惩罚，自然也遭到不少人讥笑、反对。杨森虽然高呼反封建，解放妇女的口号，实际他也真正做到了在四川解除妇女缠足等好事，但他却明娶了好几个小老婆。
    1925年5月段祺瑞免去杨森的四川军务督办职务，调往北京署理总参谋长，以刘湘取代其军务督办之职。但杨森怕兵权旁落，于是赖着不走，由此刘杨关系交恶，杨森发动“统一全川”之战，威震全川。7月，刘湘拉拢黔军袁
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