但是肖天健也留出了两年的缓冲期，目前大中朝的政治中心还是在南京，而且北方在建奴山海关大败退回关外之后，再加上有罗立、李定国等大将驻守北方，短时间之内，不管是建奴还是蒙古人都不敢再轻易犯边，而且卢象升在这一年时间里，也将顺天府的事务处理的差不多了，留着他在北京也是浪费，故此肖天健干脆便将卢象升调回了南京城。
    通过和诸臣商议之后，肖天健在大中朝组阁，建立起了一个内阁大臣制度，卢象升充任第一任内阁总理大臣，至于诸部的尚书，则全部入阁充作协理大臣，另外肖天健还令孙传庭也进入到了内阁之中，作为一个协理大臣，帮助卢象升来做事。
    这些大臣们的行政能力都是相当强的，上面再加上有肖天健来掌舵，有卢象升这个公心甚重之人来主持内阁，肖天健没有什么不放心的。
    于是在八月的时候，内阁便开始了运转，各种繁琐的政务开始移交到了内阁之中进行处理，一般的事情内阁大臣商议之后，便可以以内阁的名义批复下去执行，一些大事特别是军务方面的事情，则在内阁之中议定以后，呈交给肖天健来最后拍板，如此一来大量的行政事务便转到了内阁之中进行处理，大大的减轻了肖天健的负担，将他从繁重的政务之中给解放了出来。
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