军进至山东临清、馆陶、大名、汶上、济宁一带，盛庸率南军于东昌，严阵以待。燕军屡胜轻敌，被南军打败，大将张玉死于战阵，朱棣自己也被包围，朱能率小股部队殊死迎战，保护朱棣冲出重围。由于建文皇帝不愿意承担杀死叔父的罪名，致使南军不敢致朱棣于死地，朱棣才得以逃跑，朱能也因此立下救主大功，晋升都指挥同知。
    燕军进入山东，朱能绕过守卫严密的济南，攻克东阿、东平，尽破汶上诸寨，进至淝河。朱能在淝河设伏兵，大败十余万南军，燕军进抵宿州，与跟踪袭击的南军大战于齐眉山，燕军大败。燕军夺得的城池虽多，但往往得而复失，不能巩固，此战失利后，燕军士气低落，很多将领建议撤军。
    朱能劝阻朱棣说：“兵家胜败是常事，怎能因为一时的小挫折就气馁呢？当年刘邦屡战屡败，项羽屡战屡胜，可最终的胜利者是刘邦。殿下您举兵以来获胜很多，此次失败不足多虑，还是应该以江山社稷为重，事情发展到这一步，只能整兵前进，怎么可能撤回继续作臣子呢？”朱棣同意，整兵进攻灵璧。在这次决战的关键时刻，唯朱能力排众议，对整个战争的胜败，起到了关键性的影响，并彻底改写了明朝乃至以后几百年的历史格局。
    燕王朱棣进入南京城，
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