司、行都司并燕、谷、宁三府护卫选拣精锐马步军士随燕王往开平堤备，一切号令皆出自王，尔奉而行之。”可见朱元璋对杨文十分器重，杨文此时俨然成为燕王朱棣的副手，地位极其显赫。接受命令后，杨文即“部署大宁兵及宁府护军”，前往“开平设防”。
    惠帝即位后，采纳齐泰、黄子澄等人的建议实行削藩，为了对付拥有重兵的燕王，惠帝召回了镇守开平的北平总兵杨文，准备授予他新的军事任务。燕王朱棣先发制人，在北平起兵“靖难”，并很快控制了北平城，朝廷任命辽东镇将长兴侯耿炳文为征虏大将军，“自辽东率众二十万援真定”。不久，又命安陆侯吴杰、江阴侯吴高、都督耿等人分道并进，协助征讨。江阴侯吴高乃江阴侯吴良之子，此时接替耿炳文镇守辽东，而杨文则成了他的副手。杨文多次随吴高“出师攻永平”，尽管都被燕军击退，但因辽“为肘腋重地”，“藩屏攸赖”，故杨文等人的行动牵制了燕军的后方，支援了南部明军的行动。
    辽东兵的进攻着实让朱棣非常忧虑，他对部下说：“辽东虽隔山海而数扰永平，当思所以靖之。”为了解除后顾之忧，朱棣决定除掉吴高，他认为：“吴高虽怯而行事差密，杨文粗而无谋，去吴高则杨文不足虑矣。”于是朱棣设计离间
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