赵敏，诉讼牵连王直和侍郎曹义、赵新，三人于八月一齐被关进监狱。三法司在朝廷审讯，判奈亨斩刑，王直等人赎罪流放，明英宗宽恕王直、曹义，剥夺奈亨、赵新的俸禄。当初，王直按次序应当进入内阁，但却遭到了首辅杨士奇的反对，王直请杨士奇回乡扫墓，来惩治当时品行不端的杨士奇之子杨稷，却反遭杨稷陷害，杨士奇因而怀疑是王直嫉妒自己，还京后就将王直调往吏部任职。
    蒙古瓦剌部首领也先大举入侵时，英宗受王振蛊惑，决定御驾亲征，王直率群臣极力劝谏，英宗未听从，命王直留守。同年，明军于土木之变中全军覆灭，扈从文武将臣大多阵亡，英宗也被也先俘虏。当时，王直位居留守群臣之首，他与兵部侍郎于谦等商议，出于稳定政局的需要，请孙太后立英宗皇子为皇太子，命郕王朱祁钰监国。不久后，王直等又劝郕王即位为帝，遥尊英宗为太上皇。土木变乱发生仓猝，朝臣屡呈奏议，纷纷称王直为首。但王直认为自己不如于谦，所以每件事都多加谦逊，极力推举于谦，甘心居于其下，本人则只是镇静持重、抚慰群臣罢了，不久后，王直被加官太子太保。
    也先派使者议和，并且请求归还英宗，此事下发到礼部讨论，未有决议，王直率群臣请求迎回英宗，并说“天位已
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