王骥请求让方瑛前来讨伐。方瑛被任命为右副总兵，与保定伯梁珤、侍郎侯琎将苗人逐一击退，战后因功进升为右都督，他又攻破赏改等寨，擒获伪苗王王阿同等人。侯琎病逝后，都御史王来接替他总督军务，分道往香炉山击贼，方瑛从龙场进兵，大破贼人，讨平了他们。
    王来弹劾方瑛违法之事，朱祁钰置而不问，王来被召回后，朝廷命方瑛镇守贵州。方瑛率军讨伐白石崖叛军，俘虏和斩杀二千五百人，招降四百六十座敌寨，论功进升为左都督。四川草塘的苗人黄龙、韦保作乱，自称‘平天大王’，抢掠播州的西坪、黄滩。方瑛与巡抚蒋琳会同川兵进剿，叛军首领全部就擒，方瑛便分兵攻克中潮山和三百滩、乖西、谷种、乖立等寨，擒获伪王谷蚁丁等人，斩首七千余级。
    平定黄龙等人不久后，廷臣认为应将禁军交给方瑛统率，朱祁钰便将其召回，同武清伯石亨一起总督京营军务，朱祁钰下诏进封他为奉天翊卫宣力武臣、特进荣禄大夫、柱国，封爵南和伯，食禄一千石，赐诰券，予子孙世袭。蒋琳上奏说方瑛以前守贵州时，边境安宁，苗蛮畏服，请求派他回贵州，朱祁钰不许。不久，湖广苗人反叛，朱祁钰任方瑛为平蛮将军，率京军去讨伐，而派御史张鹏在他的后面暗中观察，张鹏回来后
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