后德国设立大量的集中营将他们有系统地屠杀。红俄方面，其吞并的波兰领土被瓜分至白俄罗斯苏维埃社会主义共和国、乌克兰苏维埃社会主义共和国和立陶宛苏维埃社会主义共和国（1940年红俄吞并波罗的海三国后）中，并施行“俄罗斯化”政策，将大量波兰知识份子、军官、地主等社会精英予以屠杀（最为著名者即是“卡廷森林屠杀案”），并把大量平民送至古拉格劳改营。根据波兰民族纪念研究所的资料，在1939年至1941年红俄占领期间共有150,000波兰人死亡、320,000名波兰公民遭到驱逐。战争全期，共有全国六分之一（600万人）的波兰人死于德国或红俄的占领政策下，为二战各国伤亡人数比例中最高者。
    波兰官方在战事结束后从未正式宣布投降，其残存军队逃往西方盟国继续对德作战，也有大量的士兵脱下军服躲到森林或是民众之中，波兰本土因而逐渐诞生一支地下反抗军，并在二战期间于波兰本土上进行过多次的游击战，波兰境内的抵抗运动也是二次大战各个被工人党所占领的国家中最大规模者，也是仅次于红俄（120万）和南斯拉夫（80万）境内游击队人数的第三大地下抗德武装部队（51万）。9月30日，波兰推举出瓦迪斯瓦夫??西科尔斯基
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