基因甚至不及X染色体的十分之一。基因决定了生物体所表现出的各种特征，它的数量能在一定程度上反映染色体的“影响力”。所以缺少基因的Y染色体看起来很弱势。
    但是，Y染色体也有自己的核心竞争力，它的存在对人类性别的决定具有重要意义，Y基因，又称睾丸决定因子，是一种在男性性腺中表达的蛋白质。在胚胎的性分化过程中，SRY基因刺激原始性腺向睾丸方向发育，然后这个最初的睾丸就开始分泌雄激素，主要是睾丸素，刺激男性胚胎整个向男性化的方向发展。如果没有SRY这个基因刺激的话，原始性腺就会自然而然地向卵巢方向发育，然后卵巢分泌雌激素，刺激女性胚胎开始发育女性的性征。可以这样说，没有SRY基因，世界上就没有男人。
    除Y染色体外，其他染色体包括X染色体，都是成对存在的。成对存在的两条染色体互为“备份”，能清除危害自身基因的变异。在减数细胞分裂时，如果其中一个出现缺陷，就能通过与备份的对照很快纠正错误，并进行修补。然而“自恋”的Y染色体却不与同伴X染色体进行对照修错。
    封闭保守的结果就是自取灭亡。在数百万年的演化中，Y染色体上的基因不断减少，这几乎成了一种不可逆转的趋势。
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