府侍郎，邱之陶为兵政府侍郎，邓岩忠为刑政府侍郎，姚锡胤为工政府侍郎，分理政务，侍郎之下有从事等官。
    在地方上，每道设防御使一人，各府设有府尹，另据事务繁简，酌情设立府同、府判等官，州设州牧，大州增设州同，县设县令、主簿等官，各官分别颁给印信札付。
    军制上，进一步进行整顿，完善五营，分中、左、右、前、后五营，并分旗色，标营用白旗，纛皆用黑，左右前后，分用黑白红黄色，而纛随之。
    设正副权将军，制将军，以田见秀、刘宗敏为权将军。田见秀为人宽厚，能得众心，所以命他提督诸营事，刘宗敏资格老历，充当李自成的左右手，并指挥中权亲军。
    以刘芳亮、袁宗第、李过、刘希尧为制将军，高一功、李岩迭居左右，亲信用事。
    五营主要为攻城野战，又有地方各卫兵，先由荆襄，次及承天、德安、荆州、渐及汝南所设，以通达卫制将军任荣光以兵六千守荆州府，内二千守荆州城。
    以通达卫右威武将军牛万才骑兵六百、帅标都尉张礼水兵六百，分守夷陵。帅标威武将军王文耀以兵六千守澧州，扬武卫果毅将军白旺以兵三千守安陆……
    一一分兵设守，还在县级以上地方设都尉、掌
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