于默认了汤若望有自由传教的权力。事实上，汤若望也经常利用接近皇帝的机会向皇帝灌输基督教义，顺治皇帝也了有关书籍。由于汤若望的声望，中国境内的传教士都得到了保护，入教的群众竟达上万人。

    顺治十八年，才二十四岁的皇帝因病去世，他的继承人是年仅八岁的小皇帝康熙，宫内由祖母皇太后照料。朝中则由四位顺命大臣索尼苏克萨哈遏必隆鳌拜联合执政，实权人物则只有鳌拜。随着顺治皇帝的去世，汤若望的地位每况愈下。首先是顺治末年，一个略有小名的文人杨光先写作《摘谬论》和《辟邪论》，投疏到礼部，分别攻击西洋新法和基督教，在前书中，杨光先认为汤若望别有用心地用西洋历法替代中国本土历法，是蔑视大清的恶毒之举，在后书中以中国传统伦理观念为参照系全面批驳基督教义。由于顺治帝尚在世。礼部官员拒绝了杨光先的弹劾申请。

    传教士一方于康熙三年由利类思创作《天学传概》，介绍天主教的产生及在中国的传播历史，反驳杨光先的指控。文中过分夸大基督教义的神圣，激化了矛盾。这时，汤若望中风病倒，由南怀仁代其履行公务。杨光先代表着反西方传教士的一批人，包括儒士回教徒等人，他们积极支持杨光先，使这一案件越来越复杂。

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