被问及最多的就是传教士来华的目的何在。

    在第一项罪名审理结束之后，进入第二项罪名的审理造妖书惑众。其审理核心在于，基督教究竟是不是不正当的宗教。承审官员认为念经、修建教堂、施以洗礼、以赦免罪孽为名哄骗男女入教都是邪教所为，并非正当宗教。

    传教士们根据《教要》详细解释，指出天主教只是“尽行教诲教徒虔诚改过行善，以释己罪”。承审官员最不可理解的是，凡入教之人均不得为祖先烧纸这一条教规，认为“仅就不准教徒为祖先烧纸一事而言，确为邪教无疑”。

    综合之前审讯的结果，11月11日，礼、吏二部总结了汤若望包括“欺人惑众”、“状如邪教”在内的14条可疑之处及罪状，决定将汤若望等人革职并交刑部议处。

    康熙三年11月20日，汤若望、李祖白等被押入刑部监狱。这时，5人都被革职，不再享有官职身份，被戴上枷锁等候宣判。

    康熙三年12月间，刑部针对谋叛和邪教的指控提出如下处理意见：汤若望为首犯，拟以立绞；李祖白等人为行邪教之从犯，拟杖四十，流放宁古塔。

    事情并没有到此为止，杨光先又提出来针对汤若望等人的第三项指控荣亲王葬期一事。此
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