枢密院下辖参谋司、军政司、后勤司、情报司等，平日分署办公，遇有大事由左右枢密使秉持皇命主持有关工作。

    设立参谋司，如同现代的总参，负责作战参谋，战略规划、军队训练等，袁宗第为总管，王祥、秦翼明襄助有关事务。

    设立军政司，代替明朝兵部下面的武选清吏司职方清吏司，如同现代的总政，负责武将选用任免，委任任馔为司长。

    后勤司，由兵部尚书兼任，主要负责各个兵工作坊管理，负责后勤粮食补给等工作。

    情报司，代替明朝的东厂西厂，如同现代的国家安全总局，秦翼民为司长，负责情报工作。

    设立独立的政务司，代替明朝的司礼监，如同当代书记处下面的秘书处，顾炎武为司长，王夫之等人为参事，襄助处理政务。

    设立独立的总务司，代替明朝神宫监、印绶监，如同现代的办公厅主任，负责前殿事务、印绶保管与往来奏折诏令传递，任命张琅为总务司正司长。

    设立独立的侍从司，职责与兵仗局、御用监，负责宫廷侍卫、出行警戒，牛大勇、马万年分任侍从司正副司长，如同现代的中央警卫团。

    设立独立的设立内务司，如明朝内宫监、内宫监等，负
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