进东京帝国大学工科采矿冶金系，1905年7月从东京帝国大学毕业，获工科学士学位。他是中国留学生在日本正规大学毕业第一人。
    1906年春，何燏时自日本回国，任浙江省矿务局技正，同年冬调北京任学部专门司主事兼京师大学堂教习。1907年他奉命到日本考察大学制度，筹划图书设备及建筑事宜，历时数月，返国后就任京师大学堂工科监督（即工学院院长），兼新校舍建筑主任。
    他性格刚毅，行事果决，一扫旧日官场拖沓之风，在其主持下，1909年建成京师大学堂德胜门外新校舍，1910年2月京师大学堂正式成立经、法政、文、格致（理科）、工、农、商等7科，由此初具大学规模。
    1913年秋天，教育部为减省经费，几次要停办北京大学，欲将之并入天津北洋大学，遭到何燏时及全校师生反对。
    何为此给大总统呈文，曰:“办理不善，可以改良；经费之虚糜，可以裁节；学生程度不齐一，可以力加整顿，而唯此一国立大学之机关，实不要遽行停止。”
    由于何燏时和全校师生的坚决反对与社会舆论的压力，当局准备裁并北大的企图被打消。虽然不久，他因与当时的教育总长发生龃龉，并不满袁世凯独裁而辞职。
   
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