五四运动对蔡元培本人的影响也很大，运动前后他在观念和言行的许多方面也有不小的变化。如果说，五四之前的蔡元培是以“囊括大典网罗众家”为口号，表面上对新旧不偏不倚而实则维新的话，那么五四之后的蔡元培则非常旗帜鲜明地站在新的一方，并与旧势力摊牌了。
    如1919年3月，蔡元培在答林纾对北大“尽废古文，专用白话”的诘难时，费了很多篇幅，举了许多实例，详证北大并没有“尽废”和“专用”。也就是说，对古文和白话的优劣却并未表示态度。而到了运动之后的11月，他在公开演讲中则历数白话文的种种好处，并断言白话文将来“一定占优胜”。
    他于1920年4月1日发表《洪水与猛兽》一文。
    “我以为用洪水来比新思潮，很有几分相像。他的来势很勇猛，把旧日的习惯冲破了，总有一部的人感受痛苦；仿佛水源太旺，旧有的河槽，不能容受他，就泛滥岸上，把田庐都扫荡了。对付洪水，要是如鲧的用湮法，便愈湮愈决，不可收拾。所以禹改用导法，这些水归了江河，不但无害，反有灌溉之利了。对付新思潮，也要舍湮法，用导法，让他自由发展，定是有利无害的。”
    至于猛兽，恰好作军阀，“孟氏引公明似的话：‘庵有肥
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