所并入该所，1945年改称社会研究所。
    观象台于1927年11月更名，下有天文组、气象组。1928年2月分立为天文研究所、气象研究所，均在南京。
    语言历史研究所于1927年夏设于广州中山大学，1928年3月在中山大学筹设历史语言研究所，10月22日迁入广州柏园正式成立，后迁北平。
    体质人类学研究所于1944年由史语所第四组中抽出另设，抗战胜利复员后因限于经费，又由史语所收回接办。
    自然历史博物馆于1929年1月筹备，1930年1月成立于南京，1934年7月更名为“动植物研究所”，1944年5月分立动物研究所、植物研究所。
    心理研究所于1928年11月决定设立，1929年1月筹备，1929年5月在北平正式成立。
    数学研究所于1941年筹备，1947年在上海正式成立。
    医学研究所于1944年筹备。
    院长任上，蔡元培依旧奉行他的“人才至上”主义，不拘一格选用科学方面的专家。
    理工方面，物理研究所聘丁西林为所长，严济慈、胡刚复、杨肇燫等为研究员。
    化学研究所聘王琎为所长，赵燏黄、沈慈辉、曾义为研
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