直对作为全国最高学府的北大所取得的学术成就不是很满意。1922年，他致力于北大研究所国学门和北大学术刊物学术著作的设计谋划。
    1921年底，北京大学评议会第三次会议公布《国立北京大学研究所组织大纲》，决定改组原有的研究所，作为毕业生继续研究专业学术之所，计划设自然科学、社会科学、国学和外国文学四门(实际只设有国学门)。所长由校长兼任，各门设主任一名，由校长于本校教授中指任。
    次年1月，北京大学研究所国学门正式成立。从组织结构看，包括三室五会。“三室”谓登录室、研究室和编辑室，“五会”即歌谣研究会、明清史料整理会、考古学会、风俗调查会和方言研究会。
    其中考古学研究室可以说便是今天北京大学考古文博学院的前身。著名金石学家马衡先生为该室第一任主任，该研究室还外聘罗振玉(1865—1940)、法国东方学家伯希和(1878—1945)等著名学者为考古学通信导师，并积极主动寻求与国外考古学术界的合作，影响深远。
    马衡先生也因对中国考古学由金石考证向田野发掘过渡有促进之功，被誉为中国近代考古学的前驱。
    北京大学研究所国学门是中国近代大学中最早建立的研
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