后与刘备、田楷一起出兵去救徐州，没有起到任何作用，只是劝说刘备接任徐州刺史。曹操把献帝迁到许都后，孔融先后担任将作大匠、少府、太中大夫等职。
    这时曹操专权，他与曹操政治上颇有分歧，每多乖忤，针对曹操的“奉天子以令诸侯”的策略，上奏主张“尊崇天子，扩大君权，削弱诸侯权势”。
    他推荐的祢衡也触怒了曹操，如同前面讲述的一样，曹操对孔融这个不识时务的政敌，再也忍无可忍，最终寻找很多莫须有的罪状，将其杀害。
    就这一点来说，儒家或者孔融还是忠于皇帝的，这也是汉后历代皇帝推崇儒家的原因，因为他们讲究“忠君”。
    因此也有人为孔融鸣不平，完全不同意李陵觉得的孔融之辈夸夸其谈结论。具体的情况是：
    孔融于建安十三年八月二十九日被曹操以“招合徒众”，“欲图不轨”、“谤讪朝廷”、“不遵超仪”等罪名处死。其中有一条罪状就是孔融曾经说过“父子之间其实并没有什么恩情，父亲生孩子只不过是情欲的结果”而这句话就被定为了不孝。
    这句话是否真的是孔融说的已经无从考证，很有可能是路粹在曹操的指使下捏造出来的。孔融为人刚直不阿早早的就忍受不了曹操的奸雄诡诈了
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