，镇守南京江防，以抵御燕军，但他却在燕军抵达浦口时，主动率水师迎降，使得燕军顺利渡过长江，攻入金陵。不久，燕王朱棣在南京称帝，是为明成祖。
    明成祖大封功臣，陈瑄因有“默相事机之功”，仍任右军都督府都督佥事，加授奉天翊卫宣力武臣勋号、特进荣禄大夫、柱国，封平江伯，食禄一千石，子孙世袭指挥使之职。陈瑄被任命为总兵官，总督海运，他当年便从海上向北京、辽东输运粮食四十九万余石，以供应两地兵饷，后又在直沽建百万仓，修筑天津卫城。在督理海运期间，陈瑄让漕卒与海上岛民进行互市，公平交易，既利于岛民，又便于海运。
    陈瑄与安远伯柳升一同率水师巡海，结果在青州海面遇到倭寇侵掠沙门岛，他当即迎击倭寇，一直追击到朝鲜国境内的金州白山岛，将倭寇船只全部焚毁。明成祖命陈瑄与丰城侯李彬统领浙江、福建两地水师，剿捕海寇。后因海水涨潮漫堤，海门至盐城境内有一百三十里地受灾。陈瑄又受命修筑捍潮堤，率四十万士卒筑堤一万八千余丈。陈瑄上奏道：“嘉定县濒海之地，正当江流冲会，其地平衍，无大山高屿可恃。海舟于此事故频发，常有触礁、搁浅。”他征得明成祖的同意，在嘉定县的青浦筑成方圆百丈、高三十余丈的土山，并
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