实刘肇基和沙千里的关系很不融洽，主要是沙千里年轻气盛，根本瞧不起半路加入却位居其上的刘肇基，经常在军议时顶撞刘肇基，没奈何，刘肇基便把沙千里发配到江阴城中。可是再怎么不喜欢沙千里，刘肇基也不敢任由沙千里被绿营兵消灭，毕竟沙千里是都督任思齐身边的老人，深受任思齐的喜爱。看到沙千里无恙，刘肇基的心才算放了下来。
    看到崇明军主力前来，陈明遇命令周瑞珑、邵康公等将领重整乡兵队伍，自己急忙出城迎接刘肇基。二人相见，寒暄过后，陈明遇极力邀请刘肇基带兵进入江阴，甘愿把指挥权让给刘肇基，从此刘肇基就是江阴的最高统帅。
    刘肇基微微一笑，拒绝了陈明遇的提议，言说要追击逃走刘良佐部，并攻略常州。刘肇基并未入城，率领属下主力向南追击而去，把残破的沙千里营留下休整。
    经过刚刚的大败，陈明遇知道自己根本没有领兵之才，便重新想起智勇双全的前典史阎应元来。于是趁着清军撤去，陈明遇亲自前往阎应元隐居的祝塘，拜会阎应元。对陈明遇的邀请，阎应元慨然答应了下来，聚乡中少年六百余人，并带着全家来到了江阴城。
    到达江阴之后，陈明遇力排众议，推举阎应元为江阴统帅。阎应元接管权力之后，
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