立刻开始布置城防，首先派人详查城中青壮人数，挑选年轻力壮者组成乡兵，得乡兵三万余人。然后分派人手，三万乡兵分班上城防守，每个垛口固定十个士兵，按时换班。由武举人王公略守东门，崇明军营正沙千里守北门，陈明遇守西门，应元自任守南门，其他将领周瑞珑、邵康公各自负责一段城墙。委任训导冯厚敦为总管，在许用等诸生的协助下负责全城粮饷军械后勤事宜。
    严格盘查城内人等，查出以顾元泌为首的细作数十人，悉数杀之。
    在阎应元的指挥下，江阴城一切变得井井有条，军民们爆发出极大的抗清热情。
    沙千里部因为损失惨重被留在江阴休整。这支崇明军和清兵苦战的情形看在所有江阴百姓的眼中，对于这支英勇的军队江阴军民都心生敬慕，无数的城中少年涌到北门要求加入崇明军。
    手下死伤惨重自然需要重新扩充，沙千里从报名的少年中，，挑选出孔武有力者五百余人纳入军中，一营的千人编制重新完整。对这些新加入的少年，沙千里提出了一个要求，就是必须把家人搬到崇明岛。
    对于这些人的疑问，沙千里是这样解释的，加入崇明军后肯定会和清兵连续大战，伤亡在所难免，若是家人搬到崇明，则不论受伤还是战死，
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